По версии следствия, сотрудники включили в перечень оборудования, приобретаемого для серийного изготовления ракеты-носителя «Союз-2», непредусмотренные проектной документацией комплектующие по завышенной стоимости. При этом у них была возможность приобрести их прямо у завода-изготовителя. В результате бюджету был нанесен ущерб в 532 млн рублей.
Кроме того, в настоящее время продолжается расследование уголовного дела в отношении бывшего гендиректора РКЦ Александра Кирилина. Его подозревают в злоупотреблении полномочиями, в результате которого «Прогресс» закупил оборудование по завышенной цене и переплатил поставщику более 2 миллионов евро.
Также в отношении сотрудников «Прогресса» расследуются еще 2 уголовных дела, возбужденных по фактам злоупотребления полномочиями. По версии силовиков, они привели к ущербу «Роскосмоса» на сумму свыше 400 миллионов рублей. Таким образом, из-за преступных действий нескольких топ-менеджеров завода государство получило ущерб, достигающий 1 млрд 100 млн. Для сравнения, эта сумма соизмерима с годовыми расходами мэрии Самары на всех муниципальных служащих.